Marco Francini ha insegnato per tre anni materie letterarie nella scuola media inferiore; poi è passato alle superiori ed insegna italiano e storia all'Istituto Statale D'Arte di Pistoia dall'anno scolastico 1979-1980.
Ha svolto dal 1980 la funzione di direttore scientifico dell'Istituto Storico della Resistenza di Pistoia fino verso la fine del decennio ed ha fatto parte della redazione della rivista “Farestoria”, edita da quell'Istituto. Inoltre è stato redattore della rivista “Anazetesis, quaderni di ricerca”, pubblicata con il contributo ed il patrocinio del Comune di Pistoia.
Ha scritto recensioni per il “Bollettino Storico Pistoiese”. Dal 1994 collabora alla rassegna “Tra i libri” di “Memorie Domenicane”.
Ha fatto parte del Comitato scientifico delle iniziative sui Lorena (Il territorio pistoiese e i Lorena tra '700 e '800: viabilità e bonifiche), promosse dall'Amministrazione provinciale di Pistoia.
Si è sempre occupato di storia, con particolare riguardo alla storia locale, di metodologia della ricerca storica e di didattica della storia.
Segue l'elenco delle pubblicazioni (saggi, monografie, articoli):
- Primo dopoguerra e origini del fascismo a Pistoia, Libreria Feltrinelli, Milano 1976.
- Appunti, note e ipotesi di ricerca, a cura dell'Assessorato agli Istituti culturali del Comune di Pistoia: saggio non firmato che compare nell'appendice bibliografica di La scuola nel regime fascista: il caso del Liceo Classico di Pistoia, Amministrazione comunale di Pistoia, Pistoia 1977.
- Un'epoca, una città, la sua cultura, in “Pistoia e gli artisti” a cura del Museo Civico di Pistoia, La Nuova Italia, Firenze 1980.
- Alcuni saggi (in collaborazione con Luciano Bruschi) in Pistoia tre anni 1943-1945. Identità di una città in guerra, ECOP - Edizione del Comune di Pistoia, Pistoia 1980.
- Pistoia e la Resistenza (in collaborazione con Renzo Bardelli), Libreria Editrice Tellini, Pistoia 1980.
- Il centro operaio di Campotizzoro (1910-1951) (in collaborazione con Riccardo Breschi), in Luciano Casali (a cura di), Lotte sociali e lotta armata. La Resistenza nelle zone montane delle Province di Bologna, Modena e Pistoia, Comitato Provinciale della Resistenza e della lotta di Liberazione di Bologna, (Bologna, 1980): atti di un convegno svoltosi a Lizzano Belvedere nel 1977.
- Note storiche in margine all'insediamento industriale di Campotizzoro (in collaborazione con Riccardo Breschi), in “Farestoria”, 1/1981.
- Né abbattere né conservare: intervento nel dibattito pubblico sul recupero e la destinazione dell'area urbana occupata dai capannoni della ex “San Giorgio”, in “Farestoria”, 2/1981.
- Un itinerario nella montagna pistoiese (insieme a Riccardo Breschi, Marco Breschi, Franca Canigiani, Cristina Dazzi, Andrea Ottanelli, Claudio Rosati), Farestoria, Pistoia 1983.
- La Breda di Pistoia 1944/1962 (in collaborazione con Aldo Morelli), La Nuova Italia, Firenze 1984.
- Considerazioni sui limiti di applicabilità del metodo dialettico alla ricerca storica, in “Anazetesis, quaderni di ricerca”, 4-5 1981, pp. 140-149.
- Vecchio e nuovo nelle campagne pistoiesi alla fine del XIX secolo, in “Farestoria”, 2, 1984.
- Dal delitto Matteotti alla Liberazione. Intervista a Piero Gherardini, partigiano pistoiese, in “Farestoria”, 1/1984.
- Frammenti di un mito: i segni edificati per i caduti nella prima guerra mondiale (in collaborazione con Gino Vettori), in “Farestoria”, 1, 1986.
- Pistoia 1927, nascita di una Provincia, Amministrazione Provinciale di Pistoia, Pistoia 1987.
- Cooperazione pistoiese fra storia e memoria. La Federazione provinciale di Pistoia della Lega delle Cooperative (1945-1987), Studio GE9, Firenze 1988.
- Il travaglio ideologico e politico: testo di una relazione tenuta in una giornata di studio sulla storia del P.C.I. a Pistoia, in Quaranta anni di storia pistoiese. Il P.C.I. tra realtà sociale e lotta politica. Atti della Giornata di Studio 28 gennaio 1989, Settegiorni - Centro Studi A. Presenti, Pistoia 1990.
- Una mostra da conservare, saggio compreso in Teresa Dolfi - Stefania Lucarelli (a cura di), La scuola in mostra. Catalogo dei materiali della Mostra della scuola (Pistoia, luglio - settembre 1924) conservati nella Biblioteca comunale Forteguerriana, Edizioni del Comune di Pistoia, Pistoia 1990.
- Popolazione e territorio nel pistoiese sotto i Lorena, (in collaborazione con Marco Breschi) in “Il territorio pistoiese e i Lorena tra '700 e '800: viabilità e bonifiche”, a cura di Ivan Tognarini, Edizioni Scientifiche Italiane, Napoli 1990.
- Alla ricerca del padre, in “Farestoria”, a. X (1991), n.16
- Premessa a Gerardo Bianchi, Preti scomodi e cattolici sospetti, Istituto Storico provinciale delle Resistenze, Pistoia 1992.
- Militanza politica fra le due guerre. Il caso di Agenore Dolfi, Amministrazione Comunale di Massa e Cozzile, Monsummano (1995).
- Gli anni della nostra storia, 50 anni di cooperazione e solidarietà, Unione Cooperative della Valdinievole, Firenze 1995.
- Il punto sulla didattica della storia. In margine ad un libro sulla storia nella scuola secondaria, in “Farestoria”, a. XIII (1, 1995), n.24.
- “… in carenza di ogni legittima Autorità…”: i Comitati comunali di liberazione Nazionale nella Provincia di Pistoia (in collaborazione con Metello Bonanno), in “Farestoria”, a. XIV (2, 1995), n.25.
- Fascismo e razzismo. È passato il tempo di due generazioni, in “Farestoria”, a. XIV (2, 1995), n.25.
- Mezzo secolo in cooperativa. Lo Spaccio del Popolo di Lamporecchio (1945-1995). 50° Anniversario della Fondazione, Editrice C.R.T., Pistoia 1996.
- “… in carrenza di ogni legittima Autorità…”: i Sottocomitati di Liberazione Nazionale della Provincia di Pistoia (in collaborazione con Metello Bonanno), in “Farestoria”, a. XV (2, 1996), n.28.
- Introduzione a Fabio Giannelli, Pistoiesi alla prima guerra d'Africa, Editrice C.R.T., Pistoia 1997.
- La guerra che ho vissuto. I sentieri della memoria, in via di pubblicazione per la Sezioni Soci della Coop di Pistoia, Firenze 1997.
- Traccia, Un personale percorso di riflessione/ricerca su fascismo/antifascismo, in via di pubblicazione per la C.R.T. di Pistoia, 1997.